Même si l'étymologie de Pernand révèle un *NAN celtique désignant une source non jaillissante, il faut plutôt parler de fontaines tellement les sources sont ténues. A contrario de la « douix » à Ladoix-Serrigny, source jaillissante qui lui vaut aussi une partie de son nom.
Suintantes en bas des coteaux, les eaux sont captées sans oser grossir en ruisseau... Elles ont pour nom Fontaine de la mare (sur le chemin des cabottes, voir le parcours Sentier des cabottes) ; Fontaine de la Croix Moron (déviée depuis des générations) et surtout Mère Fontaine (appelée Fontaine de Bully, au XVIIe siècle sur les cartes de Cassini) qui est la source de vie autour de laquelle le village a été fondé.
Selon la tradition, Pernand signifierait Sources qui se perdent, version familièrement entretenue par l'idée d'un lac chimérique sous le plateau de Frétille. Même l'instituteur du village Pierre Matry, auteur d'une Monographie communale en 1886, s'y est laissé prendre assurant que Les sources du village paraissent sortir d'un lac qui existerait sous la montagne de Frétille. Elles ont en effet quelque chose de magique à disparaître et réapparaître...
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D'autres versions sont étymologiquement plus plausibles : le gaulois *nanto (ruisseau, petite vallée) s'accorde au latin petra (pierres) entre lesquels les eaux s’insinuent, ou encore au latin petru situant le village à quatre bornes (environ 6 km) de Bellanus (Beaune), voire dérive de la forme reconstituée *pario-nanto qui signifierait littéralement « source-chaudron », propre à la civilisation gallo-romaine qui vénérait les sources.
Pernand devait indiquer aux voyageurs des temps reculés que dans cette contrée -entre la Lauve qui jaillit à Ladoix-Serrigny et le Rhoin qui coule à Savignylès- Beaune- il y avait d'autres points d'eau, certes mineurs mais assez conséquents pour vivre et y abreuver les troupeaux.
Quant au nom de Vergelesses, il va sans dire que la tournure « Pernand, je bois, verre, je laisse » est bucolique... Le nom viendrait de l'ancien français « vergel », antique unité de mesure de la terre, désignant également un rameau, une branchette...
Il existait une savoureuse expression, Vergeles de fumée, pour décrire les fines colonnes qui s'échappent des cheminées. Ainsi peut-on toujours observer en Vergelesses de blanches « vergeles de fumée », au moment du brûlage des sarments.
Le vocable Vergelesses, emblématique Première de Cuvée (ex 1er cru), a été accolé à Pernand par décret ministériel le 22 décembre 1922 à l'instar de la plupart des villages viticoles associant un nom de climat à son nom d'origine.